Du musst erstmal verstehen, dass bei Java Swing das JFrame einfach nur da ist um das ganze Sichtbar zumachen zusammen mit den Knöpfen wie Minimieren und Maximieren.

Bei einem JFrame kann man auch direkt Sachen drauf machen, da es selber ein JPanel beinhaltet.

Man kann aber auch mehrere JPannels nutzen, wenn du zum Beispiel ganze Bereiche bewegen möchtest oder wenn du Bereichen einen Rand (Border) geben möchtest.