Flüssige Rohrreiniger bestehen meist aus hoch alkalischen flüssigen Substanzen, denen Tenside und Natriumhypochlorit beigemischt sind. Damit ist die Wirkungsweise ähnlich wie bei den Granulaten, zumindest was die hauptsächlich alkalische Wirkungsweise betrifft. Da die physikalische Komponente wie bei den Granulaten fehlt, wird hier auf die Fettlösekraft der Tenside gesetzt.

Ziel dieser Reaktion ist es, die Ursache der Rohrverstopfung durch auflösen oder binden zu beseitigen. Dies kann sehr gut funktionieren, wenn die Rohrverstopfung durch organisches Material verursacht wird: Die chemische Reaktion ist genau darauf abgestimmt, Fette, Zellen (und somit auch Haare), Öle, Zellulose (Papier) anzugreifen. In der Regel wird hierbei die Struktur des verstopfenden Materials zerstört, so dass der Rohrreiniger die Rohrverstopfung im wahrsten Sinne des Wortes „auflöst“. Die chemische Reaktion benötigt eine gewisse Zeit dafür, weshalb eine angegebene Einwirkzeit eingehalten werden sollte.

Letzendlich zersetzen diese Alkalide organische Stoffe.