Erst mal ist „Naja“ falsch, was jedoch viele nicht wissen. Die korrekte Schreibweise lautet „Na ja“. Siehe auch hier: https://www.korrekturen.de/beliebte_fehler/naja.shtml

Es hängt ein wenig vom Kontext ab, was man damit am Ende ausdrückt. Es kann unter anderem Zweifel, Zustimmung oder Gleichgültigkeit ausdrücken. Des Weiteren kann man damit aussagen, dass man etwas weder gut noch schlecht findet, also eher mittelmäßig. Manchmal verwendet man „Na ja“ auch einfach nur als Füllwort ohne besondere Bedeutung.