Szayel Apporo Grantz aus Bleach, unser aller lieber psychopathische Espada-Wissenschaftler dessen Hollowloch an einer Stelle sitzt, die du nicht Wissen willst ( ͡° ͜ʖ ͡°)
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Wenn du einfach meinst, dass die Linienebene unter deiner Farbebene ist, kannst du die Ebenen einfach verschieben, indem du sie mit der Maus nach oben oder unten ziehst.

Das andere, was du meinst ist wahrscheinlich eine Layer-Maske. Das ist auch ganz einfach: Über eine Ebene, die du z.B Schattieren willst, machst du eine neue Ebene. Dann klickst du auf "Clipping group", das ist in der Leiste, wo du deine Ebenen verwaltest, ganz oben. Dann erscheint an der Ebene, für die du diese Einstellung ausgewählt hast dieser kleine Pinke Balken. dann kannst du auch schon loslegen ^^

Wenn du die Einstellung meinst, dass man direkt über die Ebene selbst malen kann, ohne dass man "übermalt", direkt über der "Clipping Group" ist eine Einstellung, die nennt sich "Keep Opacity", das ist wie der Layer Lock in Photoshop.

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Ich glaube, du meinst das Lock-feature (Bild 1)

oder die Clipping mask/Clipping group (Bild 2)

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Soweit ich das sehe hast du bei Skizze und Farbe auf einem Layer gearbeitet. 

Dass so viele Linien verloren gehen, könnte daran liegen dass du auf einem linework-layer gearbeitet hast, da kann es sein, dass bei der Linienkorrektur einmal ein paar lines als sehr dünn erkannt werden und man diese dann nicht sieht. 

Zu dem "Grottigen Aussehen": Übung und ein Grafiktablett (mit ner Maus zeichnen ist die HÖLLE), mit dem kannst du am Pc zeichnen wie auf Papier, da werden die linien auch z.b Dünner, wenn du nicht so fest aufdrückst, das muss auch kein High-Tech 6000 € Ding sein, Wacom Tablets gibt es schon ab 70€ bei Amazon, ich verlinke dir mal das, das ich benutze: http://www.amazon.de/Wacom-Stifttablett-einfach-CTL-470-K0/dp/B005PKPK46/ref=sr_1_33?ie=UTF8&qid=1436709580&sr=8-33&keywords=Wacom+Bamboo   (ist jetzt etwas teurer, aber es lohnt sich!)

Ich hoffe, ich konnte dir helfen ^^

LG

Saku <3

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In den Einstellungen kann man glaub ich einstellen, dass Anstelle des Punktes der Mauszeiger mit der Pinselkontur vorhanden ist, also die Spitze des Coursors die Mitte des Pinsels markiert :)

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am ehesten bietet sich für SAI die seite chip.de an, dort kannst du die vollversion kaufen oder eine kostenlose demo herunterladen. ob es SAI auf deutsch gibt, weiß ich jetzt nicht, aber das programm ist auch auf englisch sehr leicht zu verstehen und auf youtube gibt es gute tutorials auf deutsch. ich verlinke dir mal eins: https://www.youtube.com/watch?v=QdLICpG6Wzc ich hoffe, ich konnte dir weiterhelfen ^^

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