Das ist kein spezielles Anime-Problem.. wenn man den Blick etwas ausweitet auf anderes (Filme/Serien/Computerspiele/Bücher/uvm) bemerkt man, dass die "Helden", also die Starken, die Guten, die das Böse bekämpfen, so gut wie immer Männer sind.. Dies alles ist ein Teil unserer patriarchalen Gesellschaft, in der uns von den Medien suggeriert werden soll, dass Frauen schwach und emotional sind und von Männern beschützt werden müssen. Ist eine Frau/ein Mädchen dann doch mal die Protagonistin der Geschichte, geht es darin meist darum, wie sie verzweifelt einen Mann sucht, der sie beschützt.. Diese Rollenbilder werden uns von Geburt an aufgezeigt, also leben die meisten damit, ohne darüber nachzudenken.
Aber der Hauptgrund ist, denke ich, dass ca. 95% der Geschichten, die wir zu sehen/lesen bekommen, von Männern geschrieben wurden. Die meisten Regisseure und Drehbuchautoren, und eben auch Manga/Anime-Zeichner sind Männer und sehr selten sind in den Chefetagen von Mediengesellschaften überhaupt Frauen vertreten..
eine sehenswerte Dokumentation dazu: https://www.youtube.com/watch?v=S5pM1fW6hNs (bezieht sich zwar nicht auf Anime und gibt es leider auch nur auf Englisch, aber wenn Du Dich für das Thema interessierst, solltest Du es Dir unbedingt ansehen).