Antwort
Ok, habe das Problem gelöst:
Ich habe einen Freund kontaktiert, der ein Macbook hat, habe mich dort mit meiner iCloud eingeloggt und die PDFs auf den Mac synchronisiert. Dann habe ich einen versteckten Ordner auf dem Mac geöffnet (nur durch das Terminal zu öffnen: open ~/Library/Mobile\ Documents/iCloud\~com\~apple\~iBooks/Documents) in welchem sich die PDFs befanden, welche ich dann auf einen USB-Stick ziehen konnte.
Auch nach mehreren Stunden Suche, habe ich keine Lösung gefunden, welche ohne den Besitz eines Macs auskommt. Das ist Apple -_-.
Ich hoffe meine Lösung hilft anderen, da ich viele Leute in Foren gesehen habe, welche das gleiche Problem haben.
Beste Lösung: Nicht iBooks, sondern einen anderen PDF-Reader verwenden.