Meine Theorie ist folgende: "C" und "K" können beide als "K" betont werden. Im altdeutschen wurden Dinge oft noch anders geschrieben. Das "C" kann aber auch als "Z" betont werden.
Ein "S" in altdeutscher Schriftweise sieht aus wie ein "F", und die Aussprache beider Buchstaben ist sehr nahe aneinander, wenn man nur mal von der Position der Lippen und Zunge ausgeht. Viele Leute lispeln.

"Kunst" kommt von "Können". Eine "Zunft" ist eine Gilde für ein bestimmtes Handwerk, für ein "Können" das die Leute in ihr besitzen.

Ich glaube also das "Kunst" und "Zunft" (Cunft; f=s -> Cunst; C=K -> Kunst) beide von "Können", (wie in "Talent" oder erlernte Fähigkeit) kommen.