Das Problem liegt in der Tat an Skype.
Ein Update auf Version 7.50 brachte keine Verbesserung.
http://www.ifun.de/finder-fehler-es-wurde-kein-programm-zum-oeffnen-der-url-festgelegt-98843/ beschreibt das Problem und verlinkt auf die Lösung: https://www.macuser.de/threads/es-wurde-kein-programm-zum-oeffnen-der-url-festgelegt.758357/page-3#post-8954329