Der Roman spielt in der Lausitz während des Großen Nordischen Kriegs. Er handelt von dem 14-jährigen sorbischen Waisenjungen Krabat, der Lehrling in einer Mühle im Koselbruch bei Schwarzkollm wird. Die Mühle stellt sich jedoch schon nach kurzer Zeit als eine „Schwarze Schule“ heraus, in der der Müllermeister Krabat und elf weitere Mühlknappen in der Schwarzen Kunst unterrichtet. Krabat gefällt zunächst die Lehrzeit in der Mühle und der Schwarzen Schule. Ihn fasziniert die Macht, die man mittels Magie über andere Menschen ausüben kann. Er freundet sich auch mit den Gesellen an. Eine besondere Freundschaft entsteht zu Tonda, dem Altgesellen, der ihm zum Vorbild wird. Doch nicht einmal ein Jahr währt diese Freundschaft, denn Tonda stirbt auf mysteriöse Art und Weise am Ende des ersten der drei Jahre, die Krabat in der Mühle verbringt, und ein neuer Lehrjunge namens Witko nimmt zu Jahresbeginn seinen Platz ein. Auch nach Ablauf des zweiten Jahres stirbt ein weiterer Geselle namens Michal – angeblich durch einen Unfall – und wird wiederum durch einen Neuling namens Lobosch ersetzt. Krabat durchschaut erst nach und nach dieses furchtbare Spiel, dessen Teil er geworden ist: Der Meister, der sich dem Bösen verschrieben hat, muss am Ende eines jeden Jahres einen seiner Schüler dem „Herrn Gevatter“ zum Opfer bringen. Andernfalls müsste er selbst sterben. Dazu sucht er sich den jeweils besten Schüler heraus, bevor dieser genügend gelernt hat, um ihm im Zweikampf gefährlich werden zu können. Um seinen Freund Tonda und die anderen getöteten Gesellen zu rächen, übt Krabat sich in der Schwarzen Kunst und wird schließlich zum besten Schüler. Kraft gibt ihm die Liebe zu einem Mädchen, der „Kantorka“ (so die sorbische Bezeichnung für die Vorsängerin der Ostergesänge), mit der er sich heimlich trifft, deren Namen er aber nicht kennt. Einer der Gesellen, Juro, vertraut Krabat schließlich an, dass es einen Weg gibt, den Meister zu besiegen: Das Mädchen, das ihn liebt, muss ihn beim Meister in der Silvesternacht freibitten. Die anschließende Probe entscheidet darüber, wer sterben muss: Der Meister oder die Liebenden. Gewinnen die Liebenden, sind auch alle anderen Gesellen vom Fluch der Schwarzen Mühle befreit. Mit dem Ende des Fluchs verlieren sie jedoch ihre magischen Fähigkeiten und sind nur noch gewöhnliche Müllerburschen. Der Meister eröffnet Krabat schließlich eine weitere Möglichkeit: Krabat kann die Nachfolge des Meisters antreten, jedoch muss er dann den Kontrakt mit dem „Herrn Gevatter“ übernehmen und einen der anderen Gesellen statt seiner opfern, in diesem und in den folgenden Jahren. Krabat lehnt dieses Angebot jedoch mit Entschiedenheit ab: Er will sich nicht schuldig oder mitschuldig machen am Tode eines Mitgesellen. So wählt er zusammen mit seinem Mädchen den Weg der Liebe. Das Mädchen bittet beim Meister um Krabats Freiheit, und der Meister stellt sie auf die Probe: Die Kantorka muss mit verbundenen Augen Krabat unter seinen elf Mitgesellen herausfinden. In dieser scheinbar hoffnungslosen Situation bekommt er Angst um seine Geliebte: Er fühlt sich schuldig, dass sie sterben muss. Doch die Kantorka spürt, dass Krabat Angst hat um ihr Leben – und nicht um sein eigenes –, erkennt ihn daran und besteht so die Probe. Krabat und die anderen Mitgesellen sind frei. Der Meister stirbt in der Silvesternacht, und die Mühle geht in Flammen auf – die Liebe hat das Böse überwunden.
