Mit dem /fill command kannst du es mal versuchen. Beispielsweise:

/fill ~ 20 ~ ~-20 ~70 ~20 air 0 replace leaves

~ 20 ~ und ~-20 ~70 ~20 sind die Koordinaten zwischen den du alles ersetzen willst.

Das dann noch mit den Stämmen dann sollte alles weg sein.^^

Gibt dazu auch einige Tutorials auf Youtube