Sorry, dass ich euch da teilweise wiedersprechen muss..
Die aller(!)meisten Programme funktionieren auch, man muss nur den Speicherpfad auf den Stick verschieben.
Ich weiß nicht mehr ganz genau, wie ich das gemacht hab, aber soviel weiß ich noch:
Kleine Programme
Bei kleineren Programmen, die ihre Informationen im Roaming-Ordner speichern (um in den zu kommen muss man Windowstaste+R drücken und dort %appdata% eingeben), hab ich zwei Ordner erstellt, "Data" und "bin". In den bin-Ordner kam das Programm, in Data nichts. Dann hab ich ein Textdokument neben den beiden Ordnern erstellt und folgendes reingeschrieben:
Set APPDATA=%CD%\Data
bin\Programmnamenbeispiel.exe
Dann noch das Textdokument mit irgendeinem Namen speichern und als Endung .bat angeben, wobei man beim Speichern auf "Dateityp" alle Dateien festlegt. Die .bat startet dann das Programm, das dann seine Daten im Data-Ordner ablegt.
Große Programme
Bei den größeren Programmen, die ihre Daten im Programme-Ordner speichern, habe ich sie nochmal installiert, diesmal aber mit einem anderen Speicherpfad angegeben. Bei denen ist es meistens so, dass die .exe meist in dem Ordner ist, wo auch die Dateien sind. Ich habe die .exe immer so gesucht, indem ich auf die Verknüpfung auf dem Desktop rechtsklick->Dateipfad öffnen gemacht habe.
Hoffentlich hilft das jemandem weiter ;)