Das Problem hat sich mittlerweile gelöst. Falls jemand dasselbe Problem haben sollte, bei mir hat Folgendes geholfen:
In Whatsapp auf Einstellungen > Benachrichtigungen gehen und dort die Pop-up-Benachrichtigungen aktivieren (entweder "nur wenn Bildschirm aus" oder "Pop-up immer anzeigen").
Ich weiß zwar nicht, was das mit dem HTC Dot View Case zu tun hat - aber seit ich die Option aktiviert habe, erhalte ich Whatsapp-Benachrichtigungen über das geschlossene Case :) Vielleicht konnte ich ja jemandem damit helfen. LG