Nutz doch einfach permissionsEX. Das Plugin nutze ich selber. Auch über eine MySQL Datenbank möglich und die Rechte Einstellungen sind da wirklich einfach.
Zu deinem Problem: Zugriff auf den FTP? Werden die Permissions in einer Datei oder in einer Datenbank hinterlegt? Vergibst du die Permissions ingame oder durch den manuellen Edit der Datei/Datenbank?