Post ist zwar schon 10 Monate her, aber hier nochmal eine Anleitung für alle, die das selbe Problem haben:

-ITunes auf PC installieren

- ipad über USB Kabel (Ladekabel mit USB Stecker) verbinden

-Datein von goodnotes als PDF in ITunes exportieren

- In ITunes auf PC auf Dateinfreigabe->Goodnotes-> exportieren Datei auswählen und speichern

- Datei (Zip) entpacken

Und fertig :)