Also mit Spigot sollten sich die Ränge / Rechte beim (erneuten) betreten des Servers aktualisieren! Spätestens nach /pex reload - sollte wieder alles laufen .. sollte das nicht gehen solltest du vlt. nochmal deine Config überprüfen :|

BungeeCord verbindet sich PEX ohne zusatzplugin gar nicht!

vlt. konnte ich dir helfen :p

FG ParadoxDev

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