ohne die beiden Gesetze/ Verordnungen zu kennen, von denen Du sprichst, kommt es immer auf den Wortlaut der Anwendung an. Ist die EU Verordnung eine Richtlinie oder Verordnung im klassischen Sinne, ist sie völkerrechtlich von allen Mitgliedsstaaten anzuwenden. Richtlinien müssen erst national per Gesetz oder Verordnung umgesetzt werden, bei völkerrechtlichen Verordnungen müssen die Sanktionsmöglichkeiten per nationalem Gesetz/ Verordnung umgesetzt werden.
Beispiel: Verordnung (EG) Nr. 1005/2009 (Ozonabbauende Stoffe) ist geltendes EU Recht und von den Mitgliedsstaaten anzuwenden. Wird in Deutschland über die Bundesverordnung "Chemikalien-Sanktionsverordnung" (ChemSanktionsV) durchgesetzt.
Ähnlich müsste es im Lebensmittelrecht sein, es sei denn, es handelt sich auf EU Ebene um eine Richtlinie. Die muss dann erst - wie gesagt - als Gesetzt national umgesetzt werden. (Oft sehr schmal gehalten mit dem Wortlaut: " ... gilt dieses Gesetz zur Umsetzung der Richtlinie xyz und tritt am xxx in Kraft).
Ich hoffe, nicht zu viel verwirrt zu haben.