Von den Storys an sich tuen sie ja nicht wirklich aufeinander aufbauen, sondern immer wieder die Zutaten Link, Zelda, Ganondorf, Zoras, Goronen, Epona usw. aufs Neue zu mischen. Allerdings sind Stellen zu finden, wo man auf den Gedanken kommen könnte, dass Zusammenhänge bestehen.
Majora's Mask kann man durchaus als direkte Fortsetzung von Ocarina of Time sehen. Das wird im Epilog und in den Okarinaszenen deutlich gezeigt.
Wind Waker scheint auch irgendwie als Fortsetzung gedacht zu sein. Im Epilog spricht man ja von der Geschichte von OoT, nämlich von einem Helden, der Hyrule vor Ganondorf bewahrt hat. Auf Links Heimatsinsel, wird diese Legende weitererzählt, und dadurch erhält er dann das grüne Kostüm, das jeder Junge als Andenken an den Helden einmal tragen soll.
In TP, in der Fischerhütte, hängt ein Bild von dem legendären Angler von Hyrule, der vor langer Zeit gelebt hatte; und dies Bild zeigt eben den Typen, der in OoT beim Hyliasee lebt. Das ist das einzige Detail das mir aufgefallen ist. Demnach müsste OoT dann viele Jahrhunderte früher stattgefunden haben.
Bei den Supernintendo Spielen kenne ich mich nicht so aus. Meiner Meinung sind keine reellen Zusammenhänge zwischen den Teilen, bis auf OoT und Majoras Mask, und wenn, dann sind sie eher nebensächlich. Die Story wird immer wieder neu zusammengemischt, und es werden immer neue Elemente dazu erfunden (gottseidank).
Hoffe ich konnte ein bisschen helfen^^