Da einige der hier genannten Antworten immer noch nicht ganz leicht verständlich sind, möchte ich anhand eines Beispiels den Unterschied zwischen Gen und Allel verdeutlichen:

Ein Gen (bzw. mehrere) macht etwas aus. Z.B. gibt es Gene, die bestimmen, welche Augenfarbe du hast. Man sagt also, das dieses Gen die Augenfarbe codiert (beinhaltet).

Ein Allel sagt aus, welche Farbe es nun ist, Z.B. "braun", oder "blau".

Also kurz gesagt: Gen = Augenfarbe, Allel = blau