Jede Fahrt von und zum Wohnort sind in der Steuererklärung anzugeben. Dort dann auch die vom Arbeitsgeber erhaltenen Zahlungen hierfür (Trennungsgeld, Reisekostenerstattung und Reisebehilfe).
Nun ist es so, dass du ja bei deinem Trennungsgeldantrag (und Reisebeihilfe) angibts, wann du nach Hause gefahren bist. Somit hättest du (bei korrekt ausgefüllten Antrag) für die Tage wo du unter der Woche nachhause gefahren bist, sowieso kein Trennungsgeld bekommen.
Wenn es nun jedoch so ist. Dann würde ich einfach das Trennungsgeld für die betreffenden Tage zu dem Punkt Arbeitsgeber Leistungen hinzurechnen, aber auch die Strecke angeben. Somit hat es zumindest steuerlich seine Richtigkeit.
Hoffe dir geholfen zu haben.