Das es schlimm ist, sagt Morpheus ja gar nicht. Nur wissen diese Menschen halt nicht, was wirklich los ist in der Welt.
Am Ende von Matrix Revolutions wird doch gesagt, dass die neue Matrix frei sein soll. Also dass diejenigen, die gehen möchten, gehen können. Und diejenigen, die lieber in der Matrix leben möchten, bleiben drinn.