Die Schädlichkeit und die Auswirkungen der Shisha auf die Gesundheit sind umstritten. Da die Wasserpfeife grundsätzlich zum Tabakrauchen dient, birgt der Shisha-Konsum die für Tabakprodukte typischen Gefahren; durch Zusatzstoffe im Tabak könnten diese noch verstärkt werden. Da der wassergekühlte Rauch sich leichter inhalieren lässt, kann er besonders für unerfahrene Raucher wie Kinder und Jugendliche gefährlich sein und die Shisha zum Einstiegsmittel in den Nikotinkonsum werden lassen. Die Mehrheit der Schadstoffe werden auch nur zu einem kleinen Teil vom Wasser zurückgehalten. Im Tabak enthaltenes oder selbst zur Befeuchtung hinzugefügtes Glycerin zerfällt bei Erhitzen unter Sauerstoffmangel zum hochgiftigen Propenal, welches jedoch wasserlöslich ist und deshalb größtenteils vom Wasser absorbiert wird. Daneben lassen sich je nach Größe der Rauchsäule unterschiedliche Nikotin- und Kondensat-Rückstände in ihr finden, was von manchen Shisha-Rauchern als Indiz für das geringe Verlangen nach Tabakwaren nach dem Genuss einer Shisha gedeutet wird.

Untersuchungen der Universität Jeddah (Saudi Arabien) zufolge ist Wasserpfeifentabak fast so gesundheitsgefährdend wie das Rauchen von Zigaretten. Hier ist aber zu erwähnen, dass in arabischen Ländern hauptsächlich starker Tabak mit neutralem Geschmack (Salloumtabak) geraucht und die Kohle direkt aufgelegt wird. Da die Shisha gewöhnlich nicht so häufig wie Zigaretten konsumiert wird, wird die Gefahr ein wenig kleiner, da die Schadstoffe, die sich auch in der Lunge absetzen, abgebaut werden können.