Kisangani liegt in den inneren Tropen, die sich durch hohe Jahresniederschläge sowie durch hohe Temperaturen und Luftfeuchtigkeit auszeichnen. Das Land lässt sich in fünf Klimazonen aufteilen – äquatoriales Klima, tropisches Klima, tropisches Höhenklima, Wald-/Baumsavannenklima, ozeanisches Klima.