Grundsätzlich können sowohl chemische Verbindungen (z.B. Fettsäuren) selbst als auch deren Verwendungen oder Verfahren, bei denen sie verwendet werden, patentiert werden.
Damit ein Patent erteilt werden kann, muss die Erfindung neu, erfinderisch, ausführbar und gewerblich anwendbar (idR kein Problem sein). Es sind weitere Punkte zu beachten, aber das würde den Rahmen hier sprengen.
Falls Du eine konkrete Idee hast, solltest Du diese - ohne sie der Öffentlichkeit zugänglich zu machen - mit einem Patentanwalt diskutieren. Eine kostenlose Erstberatung gibt es in der jeder größeren Stadt, am besten mal bei der örtlichen Handelskammer fragen oder googeln. Erfahrungsgemäß kann man im Rahmen eines kurzen Gesprächs klären, ob es Sinn macht, die Sache weiter zu verfolgen.
Die Kosten für eine fachmännisch ausgearbeitete und eingereichte Patentanmeldung sowie Folgekosten können often zumindest teilweise durch Förderprogramme getragen werden (z.B. www.signo-deutschland.de).
VIel Glück!