Wenn man sich die Stellenangebote auf der offiziellen Unity Seite ansieht, dann steht bei mehreren Programmierer-Job-Suchen:

Requirements: Strong C/C++ programming skills, Objective-C is a plus Additional nice-to-haves: Experience with browser plug-in development and NPAPI Experience with C#/.NET

(siehe z.B. http://unity3d.com/company/jobs/?jvi=onnQWfwg,job&title=Mac%20OS%20X%20Programmer)

Daraus kann man schon einiges lesen und ich denke, dass die eigentliche Engine in C/C++ entwickelt wurde. Wie aber schon erwähnt ist das wahrscheinlich in mehreren Teams für verschiedene Systeme geschehen, da C/C++ nicht plattformübergreifend ist (soweit ich weiß).

Falls du allerdings nach plattformunabhängigen Programmiersprachen suchst, würde ich dir Java ans Herz legen.

Es gibt noch eine weitere Möglichkeit einen Computer dazu zu bringen wirklich automatisch Tastenbefehle und Mausgesten an Programme zu senden. Dazu eignet sich die Programmiersprache AutoIt (http://www.autoitscript.com/site/autoit/), welche ursprünglich zum programmieren von Bots für Computerspiele eingesetzt wurde. In dieser Umgebung kannst du auch mit einem Befehl die Konsole öffnen und anschließend mit Hilfe des Send-Befehl weitere Eingaben tätigen.