Bei Bartagamen ist es immer wichtig das die Tiere gleich groß sind. Wenn eine Bartagame kleiner ist, wird sie von den größereren Bartis erst fertig gemacht und dann gefressen.
Das Nicken ist eine Drohgebärde, wenn sich dann auch noch der Bart schwarz färbt, und aufgestellt wird, dann ist es höchste Alarmstufe. In dieser Situation sollte man, auch nie die Hand im Terrarium haben, sonst könnte diese auch mal mit einem großen Heimchen oder einer großen Heuschrecke verwechselt werden, und das tut tierisch weh.
Wenn eine der Bartis die Dame jetzt als störenfried sieht, könnte das unter anderem daran liegen das der junge geschlechtsreif ist, und die Dame decken will. Wenn das Weibchen den derartigen Akt ablehnt, kann auch zu übelen Beissereien kommen. Im schlimmsten Fall kann es dazu kommen, das der Barti probiert das Mädchen anzufressen.
Gehe ich davon das die Dame schon von Anfang an bei den beiden war, könnte ich mir dieses Verhalten nicht anderst erklären.
Wie Du richtig vermutest, ist dass für Dein Mädel ein riesen Stress. Abgesehen davon ist die Verletzungsgefahr, die kleinen Füsschen sind schnell abgefressen und dann hast ein richtiges Problem.
Sobald das Mädel eingeschüchtert ist merkst Du das am Fressverhalten. Gestresste Bartis bleiben meistens zurück, warten bis alle anderen gefressen haben, und kommen erst dann. Oder legen ein ungewöhnliches Verhalten an den Tag, rennen durch das Terra sind unruhig usw.