Ich kenne mich bei Onedrive nicht aus, aber von anderen Cloudlösungen kenne ich es so, daß man Verzeichnisse und Dateien von der synchronisation ausnehmen kann. Das war ja wohl auch schon Dein Ansatz, wenn ich die Frage da richtig verstehe.
Eine schnelle Suche brachte das: https://praxistipps.chip.de/onedrive-nur-bestimmte-ordner-synchronisieren-so-gehts_40942
Vielleicht hilft es ja. Viel Erfolg.