Die Sys-Fan Header sind für deine Gehäuselüfter.
Im Grunde existiert der "CPU-Fan1" Header nur, damit das System bei einem potenziellen Lüfterausfall das System unterbrechen kann, damit es nicht überhitzt. Dein System gibt also speziell darauf, dass dieser Header belegt ist.
Wenn du nur einen CPU-Lüfter hast, ist doch alles Top. Solltest du mehrere haben (AIO Wasserkühlung), kannst du diese mit einem Splitter oder einem Lüfterhub zusammenschließen.
Alle Lüfter, die an Sys-Fan Header angeschlossen werden, können noch einmal extra im UEFI BIOS konfiguriert werden.
Meistens gibt es dafür Profile. Du kannst aber auch selber mit der Drehzahl herumspielen.
Steht auch alles in der Bedienungsanleitung. Könnte man mal einen Blick hineinwerfen ;)