Im Juni 2014 nahm Israel Islamic Relief in die Liste der Organisationen auf, denen die Tätigkeit in Israel verboten ist, weil sie angeblich die Hamas finanzieren. Die Büros der Organisation im Westjordanland wurden gestürmt, ihre Computer zerstört, Akten beschlagnahmt und ein Bürosafe gewaltsam geöffnet. Ende 2014 behauptete Islamic Relief[24], dass eine Prüfung durch eine ungenannte "weltweit führende Wirtschaftsprüfungsgesellschaft" keine Beweise für eine Verbindung zum Terrorismus ergeben habe. Die israelische Regierung erklärte daraufhin, ihre Entscheidung, Islamic Relief für illegal zu erklären, beruhe "auf Informationen, die über Jahre hinweg gesammelt wurden, dass der Fonds ein zentraler Akteur bei der Finanzierung der Hamas ist". Die Organisation hat die Entscheidung vor den israelischen Gerichten angefochten[25].
Am 15. November 2014 setzten die Vereinigten Arabischen Emirate Islamic Relief wegen angeblicher Verbindungen zur Muslimbruderschaft auf eine Liste verbotener Organisationen.[26][27] Die Organisation bestreitet jegliche Verbindungen zur Muslimbruderschaft[28] und beruft sich auf die neutrale Haltung und den humanitären Charakter der Organisation.
2016 wurde berichtet, dass die Bankengruppe HSBC beschloss, die Beziehungen zu Islamic Relief zu beenden, weil sie befürchtete, dass "Bargeld, das für humanitäre Hilfe bestimmt ist, möglicherweise bei terroristischen Gruppen im Ausland landen könnte"[29]. HSBC forderte Islamic Relief auf, "die Beziehung zu beenden", was die Bank Ende 2014 auch tat, wie sie es auch bei anderen Hilfsorganisationen und Organisationen der Zivilgesellschaft getan hat.[30]
Die Regierung von Bangladesch untersagte der Organisation die Unterstützung der Rohingya-Bevölkerung in Cox's Bazar mit der Begründung, die Gelder würden für die Predigt des Islams, den Bau von Moscheen, die Förderung des Radikalismus und die Finanzierung von Militanten verwendet.[31] Islamic Relief weist diese Anschuldigungen zurück und setzt seine Arbeit in ganz Bangladesch fort, wo es seit über 25 Jahren präsent ist.[32] Ab April 2021 arbeitete die Regierung von Bangladesch mit Islamic Relief zusammen, um Rohingya-Flüchtlingen zu helfen.[33]
Im Jahr 2019 wurde der deutschen Regierung vorgeworfen, sie habe "erhebliche persönliche Verbindungen" zur Muslimbruderschaft, was von Islamic Relief bestritten wurde.[34][35]
Im Juli 2020 trat der Direktor von Islamic Relief, Heshmat Khalifa, zurück, nachdem The Times herausgefunden hatte, dass er 2014 und 2015 antisemitische Äußerungen auf seiner Facebook-Seite gemacht hatte.[36] In einem Interview mit The Guardian sagte der Geschäftsführer Naser Haghamed, er sei "entsetzt" über die "inakzeptablen Beiträge". [37] Miguel Ángel Moratinos, Hoher Repräsentant der Allianz der Zivilisationen der Vereinten Nationen (UNAOC), äußerte sich bestürzt über Khalifas Ausbrüche, darunter die Bezeichnung des ägyptischen Präsidenten Abdel Fattah el-Sisi als "Zuhälter, Sohn der Juden" und die Bezeichnung der israelischen Regierung als "Enkel von Affen und Schweinen"[38] Ende August wurde bekannt gegeben, dass der gesamte Vorstand zurücktreten würde, was als "Teil weitreichender Governance-Reformen"[39][40] beschrieben wurde.
Im Januar 2021 schloss die Wohltätigkeitskommission von England und Wales eine Untersuchung der Organisation ab und stellte fest, dass sie "zufrieden ist, dass sie die notwendigen Verbesserungen in Bezug auf die Überprüfung der Treuhänder und die laufende Überwachung ihrer Aktivitäten in den sozialen Medien vornimmt"[41] Darüber hinaus kündigte die niederländische Regierung an, IRW keine öffentlichen Mittel zukommen zu lassen, nachdem in den Medien Verbindungen zur Muslimbruderschaft behauptet worden waren. [42] Ende Januar 2021 kam eine unabhängige Kommission unter der Leitung des ehemaligen britischen Generalstaatsanwalts Dominic Grieve zu dem Schluss, dass "die anstößigen Äußerungen des ehemaligen leitenden Direktors und zweier ehemaliger Treuhänder in keiner Weise die Unparteilichkeit oder Integrität der humanitären Programme der Organisation beeinträchtigt haben.
