Die Entstehung von Atollen ist relativ einfach.
Am Anfang steht eine Vulkaninsel mitten im Meer.
An den unter Wasser gelegenen Flanken des Vulkans siedeln sich Korallen an. Korallen wachsen nur in den Wasserschichten, die vom Licht durchflutet sind. Das hängt damit zusammen, dass die Korallentiere in Symbiose mit Algen (Pflanzen!) leben, die für die Photosynthese Licht brauchen. Korallen haben Kalkschalen. Aus den Schalen abgerstorbener Korallen bildet sich im Laufe der Jahrhunderte/Jahrtausende Kalkgestein, auf dem das Korallenriff weiter wächst.
Im Laufe der Jahrhunderte wird der Vulkan, wenn er erloschen ist, immer kleiner. Das hat mehrere Gründe. 1. Erosion, also Abtragung durch Regen und Brandung, 2. Absacken durch das eigene Gewicht, 3. Wanderung der ozeanischen Kruste von einem mittelozeanischen Rücken (Divergenzzone, Plattentektonik) in Richtung eines Tiefseegrabens (Konvergenzzone), also in tieferes Wasser. Das Korallenriff wächst aber weiter. Wenn der Vulkan ganz unter der Meeresoberfläche verschwinden ist, dann bleibt das Riff als Ring kleiner schmaler Inseln bestehen.
Das Grundprinzip dieses Vorgangs wurde übrigens von Charles Darwin beschrieben.
https://www.spektrum.de/lexikon/geowissenschaften/atoll/1078
Bei deiner Beschreibung der Süßwasserlinse wird nicht ganz deutlich, dass es sich um eine dünne Schicht oberflächennahen Grundwassers handelt, die sich durch versickerndes Regenwasser im Inselboden bildet. (Die tieferen Schichten des Grundwassers besteht aus Salzwasser, das seitlich in die Insel eindrungt.) Durch häufige Überflutungen dringt nun auch Salzwasser von oben her in den Erdboden ein und macht es als Trinkwasser unbrauchbar.