Woher wissen wir bei z.B. Desinfektionsmitteln, dass 99,99% von 100% sind und nicht von 1.000%?

% = Prozent = pro zent = von hundert

"Prozent" bedeutet IMMER "pro Hundert"(Anteilen).

Weil Prozentangabe sich auf eine proportionale Relation beziehen, in der 100% die Gesamtheit darstellt. Eine Angabe von 1000% würde keinen logischen Sinn darstellen. Denn dann müssten ja (in diesem Beispiel) mehr Keime abgetötet werden, als ursprünglich eigentlich vorhanden waren.

Weil das wortwörtlich die Übersetzung ist.

Warum es keine 1.000% sind?

Weil ein Desinfektionsmittel nicht zehn mal so viele Bakterien und Viren töten kann als überhaupt vorhanden sind.