Primer erstellen?
Wenn für PCR oder Sequenzierung (Exons menschl. Gene) Primer erstellt werden und auf Primer3plus als Hilfestellung zurückgegriffen wird: kann ich einfach manuelle Korrekturen an einem Primervorschlag von Primer3 vornehmen?
Bsp.: die erste Base soll G oder C, die letzte T oder A sein. Wenn ich das erreiche, in dem ich den Primer um eine Base nach vorn verschiebe, so dass der GC-Gehalt sich nicht ändert, ist das dann unproblematisch?
Die Schmelztemperatur wird so oder so händisch nochmal nachberechnet.
LG
1 Antwort
Also wie ich deine Frage verstanden habe, sollte das kein großes Problem darstellen. Schmelzpunkt wird sich dementsprechend ändern, aber das hast du ja selbst berücksichtigt. Vllt verstehe ich den Satz („ich den Primer um eine Base nach vorn verschiebe“) auch falsch, also keine sichere Antwort :/
Hoffe ich konnte dir doch etwas helfen :)
Achso, ja da sollte sich nicht arg viel verändern, außer vielleicht:
1. Der Schmelzpunkt, weil mehr/weniger HBB vorhanden sind, als davor (GC 3-Fach-Bindung; AT 2-Fach-Bindung)
...und
2.Die länge der PCR Produkte, da diese ja dann eine Base länger/kürzer sind (oder?)
Viele Grüße
Danke!
Was ich meine: angenommen, ich hätte folgenden Sequenzabschnitt mit Primer (Primer: Fett):
Wenn ich den Primer beim Planen "verschiebe":