Kann man einen USB Stick dauerhaft am Notebook stecken lassen oder hat das irgendwelche Nachteile?

Nicht direkt, dem Laptop ist das eigentlich egal ob der dauerhaft steckt oder nicht.

Kann nur ggf. auswirkungen beim Start haben, falls der im Bios zuerst von USB Geräten starten will(sprich wenn da was wie Linux oder Windows drauf ist das er erst vom Stick starten will um dein System zu installieren) oder aber der Start etwas länger dauert(1-2 Sek) weil er erst auf dem Stick schaut ob er davon starten kann.

Ansonst kann es nur passieren das der USB Stick wenn er "größer" ist, abbrechen kann wenn du ihn stecken lässt wenn er in der Tasche oder im Rucksack ist. Bei kleineren Sticks wie bspw. Funkempfängern von einer Funkmaus kann das aber nicht so schnell passieren, solche hab auch beim Transport in Taschen immer stecken gelassen.

Du meinst außer der "Der Stick steckt ständig drin und ich Depp ramme damit gegen irgendwas?"-Situation? 😉

Nicht wirklich - streng genommen ist es sogar von Vorteil, wenn chipbasierte Datenträger regelmäßig mit Strom versorgt werden.

Nein, hat keine Nachteile, aber wenn du es dauerhaft angesteckt lässt, steck ihn in die hinteren USB-Stecker, so stoßt du nicht dagegen oder er nervt dich.