Inwiefern kann die Gewaltenteilung nicht vollständig vor Machtmissbrauch schützen?

Weil wen das System lang genug gelaufen ist, diese Gewaltenteilung zunehmend nur noch auf dem Papier steht und sich die beteiligten Führungspersonen dann halt "kennen" und in einem Netzwerk (partei-)politischer Beziehungen stehen.

Und die 4. Kraft - die Presse ist auch noch dabei.

Gewaltenteilung ist ein eher theoretisches Konzept und kann in vielfältiger Form interpretiert werden. Nur selten bedeutet Gewaltenteilung eine strenge Gewaltentrennung, oftmals geht es eher um Gewaltengliederung oder Gewaltenverschränkung. Die meisten modernen Rechtsstaaten setzen keine echte Gewaltenteilung geschweige denn eine strenge Gewaltentrennung um.

Gerade wenn es eine absolute Gewaltentrennung gäbe, müsste man sich fragen, wer denn die einzelnen Gewalten kontrolliert. Es ist eigentlich immer ein System gegenseitiger Kontrolle und Einflussnahme nötig, um die Macht einer Gewalt zu beschränken.

Das ist auch schon die konkrete Antwort auf deine Frage: Machtmissbrauch kann eintreten, wenn eine Gewalt nicht durch andere kontrolliert oder beschränkt wird, sondern für sich alleine beliebig handeln könnte. Beispiel: Was nützt die Gewaltentrennung, wenn die Legislative absurde Gesetze erlassen würde und die beiden anderen Gewalten diese dann befolgen müssten?

In Deutschland zum Beispiel haben wir keine gute Gewaltentrennung, sondern eine recht starke Verzahnung und Überlappung der Gewalten und trotzdem oder gerade deshalb funktioniert es relativ gut.

Weil Legislative und Judikative nicht die Machtmittel haben, einen aus dem Ruder laufenden und anfangs auch noch von der Volksmehrheit unterstützten, aus der Exekutive kommenden Autokraten zu stoppen. (Beispiele: Putin, Erdogan, Orban)

Weil der Faktor Mensch immer dazwischen kommt. Menschen lassen sich von anderen Menschen ködern und gegeneinander aufhetzen von anderen Menschen, die eine gute Menschenkenntnis haben und es verstehen andere Menschen zu manipulieren (so wie Hitler und Stalin). Allerdings ist dies leichter in einer Diktatur umzusetzen als in einem System mit Gewaltenteilung.

Ich finde ein gutes Beispiel für deine Frage wäre Erdogan und die Türkei seit 2016.