Auf Silikon ist das so ne Sache mit dem Entfernen von Schimmel. Meistens durchdringt der Schimmelpilz das flexible Material, sodass bei oberflächlichem Entfernen nicht alles erwischt wird und der Schimmel einige Wochen später wiederkommt.
Daher würde ich empfehlen, das verschimmelte Silikon mit einem Fugenkratzer zu entfernen und neues sogenanntes Sanitärsilikon aufzutragen. Diese Silikone sind extra für den Nassbereich konzipiert und so gut wie schimmelresistent. Mehr Infos zum Entfernen von Schimmel im Bad kann man hier hier finden:
http://hausliebe.de/schimmel-entfernen-waende-fenster-und-dusche/