Nachdem hier schon viel richtiges, aber auch schon einiger Müll geäußert wurde, und du mich wegen einer Antwort extra angeschrieben hast, fasse ich das richtig Gesagte nochmal zusammen:
Die Fundamente in Abschnitten herzustellen ist ein übliches Verfahren, bei dem allerdings berücksichtigt werden sollte: Das Ende eines Betonierabschnittes sollte rauh und schräg verlaufend (keilförmig) sein, die Bewehrung (Stabstahl und Bügel bzw. Körbe) sollten so angeordnet werden, dass ein Überstand in den anschließend zu betonierenden Abschnitt besteht. Hinsichtlich der Dimensionierung der Bewehrung und der Abstützung des Gebäudes empfehle auch ich den fachlichen rat eines Statikers. Die max. 300 - 500 € würde ich auf jeden Fall ausgeben, denn jeder Fehler, den du machst, kann dich ein Vielfaches des Honorars kosten. Frag mal unverbindlich nach den Stundensätzen und der etwa benötigten Zeit an, du wirst sehen, es ist bezahlbar.
Hinsichtlich der tragenden Holzbalken (ich gehe davon aus, dass du die senkrechten meinst) spricht eigentlich nichts dagegen, wenn du sie ein paar cm einbetonierst. Ich würde jedoch den Balkenfuß jeweils mit ca. 1 cm starkem Styropor ummanteln und in eine Folie einpacken, damit zum einen eine Trennung zwischen Beton und Holzpfosten besteht und zum anderen die Betonfeuchte vom Holz ferngehalten wird.
Genial wäre natürlich, wenn es dir gelingen würde, die Holzpfosten nach und nach abzusägen und auf den jeweils erhärteten Betonabschnitt eine Fußschwelle aus Lärchen- oder Douglasien-Holz waagerecht auszurichten, die dann die Last auf dem Fundament besser verteilt und mögliche Setzungen etwas besser ausgleicht. Dazu ist aber ein sehr exaktes und zeitaufwändigeres Arbeiten erforderlich.
Oberwichtig und nicht zu vergessen: Unter die Schwelle bzw. unter den Pfosten, wenn du keine Schwelle machst) gehört natürlich noch eine Bitumenbahn (Dachpappe), die verhindert, dass durch aufsteigende Feuchtigkeit das Holz nach und nach wegfault.