Habe eine Trinkwasserleitung schon seit 3 Jahren nicht benutzt, lasse jetzt heißes Wasser druchlaufen, muss ich auf irgendwas sonst noch aufpassen?

Es ist jetzt nicht klar bei deiner Frage ob es sich hier nur um eine separate Trinkwasserleitung handelt oder eine ganze Wohnung, bzw. ein Haus.
Ich würde auf jeden Fall die Perlatoren und Brauseköpfe entfernen beim durchspülen falls vorhanden.
Zudem würde ich nur kaltes Wasser zum durchspülen verwenden, da das Wasser in der Zuleitung ja auch lange gestanden ist und sich da Bakterienstämme angesammelt haben können, welche sich durch das warme Wasser vermehren können wenn sie bei der Temperatur nicht abgetötet werden.
Ein wenig ,mehr Infos wären hier gut gewesen und auch mit welcher Temperatur du durchspülen möchtest und wie lange, etc.pp.
Ist ein zentraler Warmwasserspeicher vorhanden, wenn ja sollte der erst mal entleert werden vorm durchspülen und langsam wieder mit frischem Wasser befüllt werden und das ganz langsam, damit sich möglichst wenig Ablagerungen lösen im Warmwasserspeicher.

Gruß Markus