Shippuden:
Episoden 57 bis 71: Naruto & Co. treffen auf den Mönch Sora, der auch über das Chakra des neunschwänzigen Fuchses verfügt. Ein hartnäckiger Kampf steht bevor.
Episoden 91 bis 112: Kakashi, Shino, Kiba und Hinata suchen nach Orochimarus Versteck. Die Akatsuki-Mitglieder Deidara und Tobi machen sich derweil auf, um Sanbi, den Dreischwänzigen, einzufangen.
Episoden 144 bis 151: Ein rätselhafter Wanderer namens Utakata, dem Rokubi, der Sechsschwänzige, innewohnt, unterstützt die Shinobi aus Konoha bei einer gefährlichen Mission.
Episoden 170 bis 171: In einer Rückblende gehen Naruto und seine Freunde einem Rätsel um den vierten Hokage nach.
Episoden 176 bis 196: Kurze Geschichten aus Konoha, die sich um Iruka, Kakashi und weitere Charaktere drehen.
Episoden 223 bis 242: Naruto wird zu einer abgelegenen Insel gebracht, um dort mithilfe von Killerbeat den Neunschwänzigen unter Kontrolle zu bekommen. Dabei verschlägt es ihn jedoch auf hohe See.
Episoden 257 bis 260: Ein Rückblick auf Narutos Zeit in der Ninja-Akademie.
Episoden 271: Sakura hat ihr Gedächtnis verloren und verhält sich plötzlich vollkommen anders.
Episoden 279 bis 281: Deidara flieht, wird aber wieder eingefangen. Hinata, Kiba und Shino stellen sich dem weißen Zetsu und die Frauen der Krieger beschützen Konoha vor Sumo-Kämpfern.
Episoden 284 bis 295: Dieser Handlungsstrang erzählt von den Vorbereitungen für den vierten Shinobi-Weltkrieg.
Episoden 303 bis 320: Weitere Kämpfe während des Krieg werden gezeigt.
Episoden 347 bis 361: Kakashis Zeit bei der ANBU-Spezialeinheit hat ihn sehr beansprucht – ein Rückblick.
Episoden 376 bis 377: Naruto muss einen Roboter bekämpfen, der genau wie er aussieht.
Episoden 389 bis 390: Das Special, welches aus zwei Folgen besteht, dient als Vorbereitung für den Film The Last: Naruto the Movie.
Episoden 394 bis 413: Einige Shinobis aus Konoha nehmen an der neuen Chunin-Auswahlprüfung teil. Sie fand statt, als Naruto im Training mit Jiraiya auf Reisen war.
Episoden 427 bis 445: In diesem Handlungsstrang sehen wir mehr von Narutos Abenteuern mit Jiraiya und weitere Geschichten.
Episoden 464 bis 469: Hagoromo erzählt von der Entstehung des Ninshuu. Die wiederbelebten Hokage lauschen gespannt.
Episoden 480 bis 483: Nach dem vierten Shinobi-Weltkrieg müssen sich einige Ninja wie Sasuke und Gaara ihrer Vergangenheit stellen.
Classic:
- Episode 26: Bevor Naruto, Sasuke und Co. ihre Chunin-Prüfung (Chunin ist der zweite Rang eines Ninjas) weiterführen, werden sie interviewt und bereiten sich vor.
- Episode 97: Jiraiya sitzt in den heißen Quellen, während Naruto bestohlen wird und Tsunade einen Erpresserbrief bekommt.
- Episoden 101 bis 106: Naruto, Sasuke und Sakura versuchen Kakashis Maske von seinem Gesicht zu reißen. Danach helfen die drei Idate Morino bei einem Rennen. Der Preis ist die Herrschaft über ein Land.
- Episoden 136 bis 219: Bevor Jiraiya aus Naruto einen besseren Ninja Macht, verbringt der Schüler noch ein Jahr mit kleineren Abenteuern.
