Lies dir mal das zum Thema Filter durch:
http://wasserschildkroeten.info/filter.html
Mal ausgehend von ausreichend großem Aquarium & FIlter:
Den Filter solltest du wirklich nur reinigen, wenn er verstopft ist, sonst kann er seine Aufgabe nicht erfüllen. Du entfernst dabei nämlich alle sinnvollen, wichtigen Filterbakterien, die das Wasser sauber halten. Extrem wichtig ist dabei auch, dass du NIEMALS Wasser wechselst und gleichzeitig den Filter reinigst.
Wechsle nicht das ganze Wasser, sondern höchstens die Hälfte. Du musst eventuell auch ein wenig Geduld haben, dann verschwindet die Gelbfärbung vll. von alleine. Vermutlich sind es Schwebstoffe aus Wurzeln o.ä.? Versuche mal, diese abzukochen & ob es davon besser wird.
Was hast du denn für einen Bodengrund? Sand wäre gut, denn da können sich viele nützliche Bakterien ansiedeln. Wie schon erwähnt ist das Aquarium viel zu klein für ein stabiles Gleichgewicht, und vermutlich ist dein Filter auch nicht stark genug (ist leider meistens so. Wichtig wäre also ein größeres Aquarium, dass idealerweise so hoch wie möglich befüllt wird, sowie einen guten Filter mit großem Filtervolumen (!). Außenfilter ist bei Gelbwangen eigentlich nicht zu umgehen, ein Innenfilter tuts da einfach nicht.