Was heißt beim Smartphone "geflasht und gerootet, welche Nachteile hat man davon?

Root wird für das Flashen des Smartphones benötigt.

Root schaltet das Gerät frei, damit kannst du entweder durch Apps tiefer in sein System eingreifen oder Apps installieren, die dein System unbemerkt flüssiger und stabiler laufen lassen.

Flashen wäre die Option, sich eine Modifizierte Software auf Basis von einer Stock Firmware oder ein Custom Rom in Form von Cyanogenmod zu installieren.

Unerfahrenen Nutzern wären diese Eingriffe ins System aber denke ich nicht zu empfehlen, da man sich damit das gesamte Smartphone kaputt machen könnte.

Man hat eher Vorteile. Durch Rooten läuft die Garantie ab. Dafür ist das Handy komplett "Freigeschaltet" und du kannst machen, was du willst. Aber für den normalen Nutzer ist rooten eher nicht geeignet.