Kann ein Hacker eine Datei manipulieren die man runterlädt wenn man in Win im abgesicherten Modus ist?

Deine Frage ist viel zu ungenau.

Selbstverständlich kann ein Hacker sich Zugriff auf einen Web- bzw. FTP-Server verschaffen, um eine dort gespeicherte Datei zu manipulieren. Von da an wird diese manipulierte Datei dann eben an jeden ausgeliefert, der sie downloaden will.

Ob man als Downloader merkt, dass die Datei manipuliert wurde, hängt von vielem ab. Ein Virenscanner sollte Downloads prüfen, erkennt aber nicht zuverlässig alles. Die Prüfung der Integrität der Datei z.B. mittels SHA-Hash könnte ein Indiz liefern, falls der Hacker nicht auch diese Information manipuliert hat.

Natürlich, es spielt keine Rolle ob im abgesichterten Modus oder Normal, solange der Rechner per Netz erreichbar

Du kannst dir auch im abgesicherten Modus eine virenverseuchte Datei herunterladen.

Da bin ich mir zu 99% sicher.