TuneUp und andere solcher Tools sind mit Vorsicht zu genießen.
Besonders dann, wenn sie auch die Registry optimieren wollen. Im schlimmsten Fall, können sie deinen PC unbrauchbar machen.
Du solltest, wenn du so ein Programm einsetzt, immer manuell auswählen, was es tun soll.
Generell sollte man aber die Finger von der Registriy lassen! Es bringt eh nichts und das Risiko, etwas kaputt zu machen ist ziemlich groß.
Auch die automatische Optimierung von Einstellungen würde ich keinesfalls einsetzen.
Gegen das Löschen von sonstigem Datenmüll ist nichts einzuwenden.
Dafür benötigt man aber kein kostenpflichtiges Tool. Das bekommt man für lau.
Ganz gut ist da z.B. der CCleaner oder auch WiseCare.