Sind Anime-Filme von Hand gezeichnet?

Ja.

In der Regel werden die Charaktere und der Hintergrund seperat per hand gezeichnet(meist auf einem Grafiktablet, aber manchmal werden auch Zeichnungen auf Papier eingescannt, je nach dem wie die Künstler es lieber machen) und dann digital übereinander gelegt.
Oft spart man sich so einige Arbeit wenn man z.B. nur an das Bild ranzoomt anstatt die Perspektive zu ändern, oder die Hauptcharaktere mit mehr FPS animiert als die Hintegrund Charaktere. Die siehst in traditionellen Anime(3d usw. ausgenommen) eigentlich nie Kameradrehungen/Neigungen, weil diese extrem viel Aufwand sind, da du für jeden Frame dann alles komplett neu zeichnen musst. Auch werden Hintegründe usw. oft wiederverwendet. Wenn zwei Leute reden wird oft nur der Mund neu gezeichnet und die kamera/das bild bewegt.
Wenn du genau drauf achtest, kann man das oft erkennen wie sie das gemacht haben.
Jeder Gesichtausdruck und jede Bewegung hat ein Mensch gezeichnet. Manchmal sind die Hintegründe echte Fotos mit einem Filter drüber, das erkennt man aber eigentlich.

Von hand gezeichnet und digital zusammengefügt, quasi.

Digital mit einem Grafiktablet bzw Monitor und teilweise durch 3D Animationsprogramme

Klar werden die von Hand gezeichnet. Heutzutage allerdings nicht mehr mit Stift und Papier sondern auf einem Zeichenpad, was am PC angeschlossen ist. Nennt sich dann digitales Zeichnen.

Teilweise, das kommt auf das Studio drauf an. Studio Ghiblis „Prinzessin Mononoke“ wurde zu 10% computeranimiert.