Java geht mit Unity nicht. Nur C#, was aber sehr ähnlich ist. Für 2D würde ich aber nicht Unity benutzen, eher libGDX. Das ist da viel ausgereifter.

Für 3D benutze ich Java nicht, aber Unity ist besser für 3D und das C# ist sehr ähnlich wie Java. JMonkeyEngine soll aber auch gut sein.

Ich würde mehreres selbst ausprobieren und dann das benutzen, was einem besser gefällt. Jedem gefällt was Anderes besser.
Ich persönlich mag z.B. OpenGL mehr als Unreal/Unity oder so ^^

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