Wenn du die Root flag erreichts hast du Admin Rechte (root Rechte) somit hast du kompletten Zugriff auf das System.
Die User flag ist meist eine Textdatei mit einem Code den du bei thm eingeben musst um zu bestätigen du du root Rechte hast. Gibt es bei einem echten System nicht.
Bei einer User flag hast du bloß user Rechte.