Im Bundestag gehen die beiden direkt die "Unionsfraktion" ein. Die CSU kommt Bundesweit gerechnet auf  6-7%. Damit ist sie legitim im Bundestag. Allerdings erreicht sie ALLE Direktmandate in Bayern. Weil sie sonst über ihre 6-7% schießen würde gibt es immer Ausgleichsmandate um die prozentuale Gleichheit zu schaffen.

Wenn du in einem Wahlkreis X die Partei "X ist am Besten" gründest und der Direktkandidat die meisten Erststimmen hat, zieht der in den Bundestag. Er ist dann der Repräsentant vom Wahlkreis X. Jeder Wahlkreis hat seinen eigenen Repräsentanten. Das zeichnet unter anderem unseren Föderativstaat aus. Es gibt ja z.B. auch "Pro-NRW". Die haben zwar zu wenig Stimmen, aber würden die einen Wahlkreis gewinnen, würde der Kandidat auch einziehen.

Die CSU ist eine Landespartei mit Bayern. Im Prinzip ist sie eine eigene Partei, sie und die CDU sind jedoch sozusagen unzertrennbar. Es heißt ja auch "Unionsfraktion" im Bundestag. Union aus CDU und CSU. Die CSU zieht also völlig legitim nach Wahlrecht dort ein, um Bayerns Interessen zu vertreten (Föderation!) und ist grundsätzlich verbündet mit der CDU. Im Prinzip nichts anderes als eine Koalition, die eben immer entsteht.