So, hier nun einmal das Fazit:
Der Zug hatte knapp 20 Minuten Verspätung. Somit habe ich als logische Folgerung den Flug verpasst. Wenn ich kein Check in Gepäck gehabt hätte, wäre es problemlos möglich gewesen. Auch, wenn mein Anschluss eine Lufthansa-Maschiene gewesen wäre, hätte ich wahrscheinlich noch einchecken können, da der Schalter noch besetzt gewesen wäre. Da die Aegean jedoch nur 2x am Tag ab Frankfurt fliegt, war der Schalter nicht mehr besetzt. Ich hatte ja auch eine sehr spezielle Flugverbindung.
Aus diesem Grund: Flüge mit solch einer kurzen Umsteigezeit kann man buchen. Dennoch sollte man darauf achten, dass man ein paar Stunden ein Alternativflug zum Ziel geht und man darauf umgebucht werden kann (in meinem Fall 2 Stunden später)