Ja und nein. In der Regel hat man Ruhe, wenn man das System neu aufsetzt. Das bedeutet aber auch, dass man wirklich die gesamte Platte formatieren sollte und nicht nur einzelne Partitionen. Es gilt: Je mehr formatiert ist, desto besser.
Wie schon gesagt wurde, es gibt Viren, die sich in den Bootsektor schreiben. Jetzt kommt es darauf an, wie alt dein PC ist, seit UEFI sollte nämlich auch das erstmal kein Problem mehr sein.
Das sind aber eher Sonderfälle, der normale 0815 Wald und Wiesen Virus wird sich sehr wahrscheinlich eher nicht da rein schreiben.