Wenn es wirklich sehr schlimm ist, dann lass dich mal von einem Arzt durchchecken. Es ist nicht unüblich, dass dein Knie etwas unterentwickelt ist, bzw. die Anstrengung nicht gewohnt ist.
Tipp: Wenn deine Knie bei normalen Kniebeugen schmerzen, versuch es doch mal mit ein bisschen weniger Gewicht. Eine kurze Suche auf Google oder Youtube wird dir einige Übungen ausspucken, mit denen du das Gewicht verringern kannst und so deine Knie über die Zeit an die Anstrengung gewöhnt werden.