Wärmeleitpaste wechseln ist bestimmt keine schlechte Idee, allerdings dabei darauf achten nicht zu viel, aber auch nicht zu wenig zu benutzen. Auf Youtube sollte es dazu genug gute Videos geben.
Wegen den Lüftern hat das Mainboard normalerweise einen 4pin Header für den CPU Kühler und zumindest einen 3 oder 4pin Header für Gehäuselüfter. Würde auch empfehlen die Header am Mainboard zu nutzen, da das Mainboard die Drehzahl an die CPU Temperaturen anpassen kann. Wenn deine Lüfter nur 3 Pins haben, sollten die immer bei voller Drehzahl laufen.
Wenn du deine CPU-Temperaturen ansehen willst kann ich für Windows das Programm Core-Temp empfehlen.