Also.. Nach einer halben Stunde mit dem Apple Support am Telefon konnte ich das Problem lösen. Falls wiedermal jemand dieses Problem hat, funktioniert es so:
Systemeinstellungen/Spotlight/Privatsphäre
dann unten auf + und die Macintosh HD Festplatte auswählen. Wenn das nachher in dieser Privatsphäre-Liste erscheint, kann man wieder auf das – klicken und das Ganze rückgängig machen. Die Dateien bzw. Aliasse verschwinden :)